MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 8802 plasmid pP880202

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013163	TCC	2	6	9	14	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_013163	ATT	2	6	517	522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013163	CTATAA	2	12	1715	1726	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_013163	TTGT	2	8	1782	1789	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013163	T	6	6	1799	1804	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013163	TTGA	2	8	1814	1821	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013163	CTT	2	6	1884	1889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_013163	CTAAT	2	10	1904	1913	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013163	T	6	6	1916	1921	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013163	AAT	2	6	1942	1947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013163	TCC	2	6	1989	1994	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_013163	CAA	2	6	2068	2073	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_013163	TCTA	2	8	2091	2098	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_013163	TA	3	6	2148	2153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013163	TGG	2	6	2218	2223	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013163	CCGC	2	8	2273	2280	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
17	NC_013163	TCC	2	6	2290	2295	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_013163	C	6	6	2294	2299	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
19	NC_013163	CGT	2	6	2316	2321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013163	CTT	2	6	2489	2494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_013163	TTC	3	9	4586	4594	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013163	TTA	2	6	4600	4605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013163	ATC	2	6	4642	4647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_013163	CTT	2	6	4651	4656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013163	TCC	2	6	4681	4686	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_013163	CGA	2	6	4810	4815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_013163	T	7	7	4859	4865	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013163	GCT	2	6	4901	4906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_013163	C	6	6	4915	4920	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
30	NC_013163	AAC	2	6	4936	4941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013163	AAC	2	6	4967	4972	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013163	G	6	6	4995	5000	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013163	TCT	2	6	5010	5015	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013163	T	6	6	5015	5020	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013163	GCTTCG	2	12	5025	5036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_013163	CAAG	2	8	5045	5052	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_013163	TTG	2	6	5241	5246	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013163	AT	3	6	5282	5287	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013163	ATCA	2	8	5329	5336	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_013163	AGGA	2	8	5361	5368	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013163	AAAGGG	2	12	5471	5482	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013163	AAGAG	2	10	5553	5562	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013163	AG	4	8	5559	5566	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013163	TGC	2	6	5801	5806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013163	T	6	6	5830	5835	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013163	TTGA	2	8	6498	6505	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013163	GTA	2	6	7553	7558	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013163	GAAATT	2	12	8007	8018	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013163	CG	3	6	8031	8036	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_013163	TC	3	6	9396	9401	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_013163	TCT	3	9	9654	9662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013163	TGA	2	6	9754	9759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013163	AC	3	6	9762	9767	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_013163	ACA	3	9	9778	9786	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_013163	ACACC	2	10	10521	10530	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_013163	ACA	2	6	10543	10548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_013163	AG	3	6	12440	12445	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013163	T	8	8	12453	12460	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013163	TC	3	6	12465	12470	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_013163	A	6	6	12479	12484	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013163	TAA	2	6	12555	12560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013163	ATCC	2	8	12588	12595	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_013163	T	9	9	12697	12705	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013163	TGG	2	6	12744	12749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013163	TAAGC	2	10	12770	12779	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_013163	TCT	2	6	12890	12895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013163	CT	3	6	12894	12899	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_013163	GAC	2	6	12913	12918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013163	CT	4	8	13006	13013	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013163	TCGC	2	8	13096	13103	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013163	TAA	2	6	13109	13114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013163	CCG	2	6	13155	13160	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_013163	TCAA	2	8	13206	13213	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_013163	AATC	2	8	13229	13236	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_013163	TGA	2	6	13267	13272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013163	T	7	7	15663	15669	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013163	TGA	2	6	15715	15720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013163	CTC	2	6	19241	19246	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_013163	AG	3	6	19261	19266	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013163	GAT	2	6	19279	19284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013163	CAG	2	6	19312	19317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_013163	CCA	2	6	19343	19348	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_013163	ATT	2	6	19375	19380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013163	CTT	2	6	19484	19489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_013163	A	7	7	19493	19499	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013163	ATA	2	6	19859	19864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013163	GCA	2	6	19908	19913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_013163	A	8	8	19958	19965	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013163	AGT	2	6	19977	19982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013163	AAT	2	6	19984	19989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013163	T	6	6	21160	21165	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013163	AAT	2	6	21221	21226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013163	GAAGG	2	10	21233	21242	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013163	T	8	8	21252	21259	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013163	CAG	2	6	21260	21265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_013163	TTTTGA	2	12	21277	21288	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013163	T	6	6	21291	21296	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013163	ATC	2	6	22214	22219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_013163	AGA	2	6	22239	22244	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013163	TAGC	2	8	22245	22252	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_013163	T	7	7	22267	22273	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013163	A	7	7	22277	22283	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.